Trois grandes problématiques définissent le travail accompli par les chercheurs qui opèrent dans cet axe.

Il y a tout d’abord un champ de questionnements polarisés
sur L’espace politique de l’expression à l’épreuve des guerres de religions en Europe : discours, gestes, objets.
Il s’agit d’étudier l’implication des populations européennes dans le schisme religieux et les conflits violents qu’il détermine.
La crise religieuse qui touche l’Europe au cours du long XVIe siècle est appréhendée sous l’angle de la quête du salut
et comme un puissant vecteur de politisation de la population atteinte dans sa vie quotidienne.
À la croisée de l’histoire de la culture et de l’histoire du politique, dans une démarche résolument pluridisciplinaire
mobilisant littérature, sciences sociales, histoire de l’art, il s’agit de considérer les expressions individuelles et collectives
– verbales ou non-verbales, orales ou écrites, manuscrites ou imprimées –
par lesquelles interviennent des procédures de mobilisation : le geste violent comme langage,
le chant et la chanson comme pratique et média,
la cour et ses bouffons interagissant sur le service comme fondement du lien politique,
le juste et l’injuste, la transcendance en actes, l’innocence et la culpabilité,
l’écriture ou le pouvoir en acte, la régulation et le dissensus, la nécessité de l’histoire….
Et surtout l’objet des réflexions est ici de conduire une interrogation sur le concept de guerre de religion
envisagée dans les intrications d’un désir salvifique et d’une action instrumentalisant le politique ou se confondant avec lui.

Il y a en second lieu la thématique des Imaginaires de différentiations jouant au niveau des psychés collectives et individuelles
placées dans des situations de différentiations du fait de la remise en cause de l’unité de religion.
Sont scrutées les interrogations sur les rapports conflictuels entre l’ici-bas et l’au-delà,
sur la montée en puissance de cultures du doute sur soi, sur la part de l’angoisse eschatologique
comme vecteur de parcours dissociés, sur l’ipséité, happées ou fascinée par des fantasmes et de projections, sur la tentation démonologique
qui peut étendre ses imaginaires jusqu’au registre du politique et du social.
Une anthropologie des fictionalisations de l’altérité suit donc celle des modalités et des pratiques de la rupture de la foi.
C’est l’intériorité du sujet croyant qui est ici donc questionnée,
dans sa capacité à créer tant des hantises de fin que des attentes de renaissance.

En troisième lieu, une troisième interrogation est structurante autour de Catholicismes en transition,
avec plusieurs points de fixation :
la temporalité du Concile de Trente vu comme une réforme de la Réforme entendue dans une longue durée
et mise en œuvre par des acteurs qui demande une programmation analytique ;
le temps d’une quête de « l’entre-deux  confessionnel», le temps d’une « religion française »
qui demande de dépasser l’opposition « romanité »/ religion gallicane.